Tytułowa Sekcja Alfa jest jedną z części CIA. Jej agenci postanawiają zlikwidować popularnego dziennikarza telewizyjnego, który ich zdaniem, nadmiernie interesuje się okolicznościami zamachu na wysokiego oficera marynarki. Zabójstwa dokonać ma młoda, ale wykwalifikowana agentka, która jednak odmawia wykonania zadania.

Tytułowy Michael Clayton (George Clooney) to doświadczony prawnik z sukcesami. Uchodzi za jednego z najlepszych adwokatów w Nowym Jorku, jednak pasmo jego sukcesów wkrótce się kończy. Klienci, których interesów kiedyś bronił, powracają, by się zemścić. Michaela czekają najgorsze dni w karierze.

Mężczyzna w wypadku traci pamięć. Wszystko jednak wskazuje, że nie był on zwykłym człowiekiem, a być może nawet płatnym zabójcą. Na dodatek interesuje się nim inny płatny morderca - słynny Carlos, a być może tylko on wie kim naprawdę jest Jason Bourne?

Bourne'owi (Matt Damon) wydawało się, że zdołał uciec przed przeszłością. Wraz z Marią (Franka Potente) przenosili się z miasta do miasta, ścigani urywkami wspomnień, których nie rozumieli. Uciekali przed nocnymi koszmarami, których znaczenia nie znali. Przypadkowe spojrzenie nieznajomego, pomyłkowy telefon - w każdej sekundzie, bez ostrzeżenia przeszłość mogła wrócić. I ta przeszłość powróciła.

Kontynuacja losów Jasona Bourne'a - byłego tajnego agenta CIA. Okazuje się, że program Treadstone został zmodyfikowany i przemianowany na Black Briar, podlegający amerykańskiemu Ministerstwu Obrony. Agencja odcięła się od swojej niechlubnej przeszłości, jednak wciąż obawia się zagrożenia ze strony Bourne'a, postanawia więc go zlikwidować. Tymczasem Bourne'a prześladują niejasne wspomnienia z jego przeszłości sprzed zaniku pamięci.