Mima, sławna piosenkarka postanawia wypróbować swoje aktorskie możliwości, w wyniku czego porzuca swoje dotychczasowe zajęcie. Szybko jednak okazuje się, że praca aktorki nie jest taką jaką sobie wymarzyła a filmy, w których gra, przepełnione są seksem i brutalnością.

Po traumatycznych wydarzeniach Vega zapada na agorafobię i decyduje się, za namową ojca, na samotne życie. Jednak zaczynają dziać się dziwne rzeczy, dziewczyna ma wizje i słyszy głosy. Zaczyna obawiać się mrocznej przeszłości swojego mieszkania i dziwnych obsesji sąsiada.

Film przedstawia historię dwóch skłóconych braci. Jest rok 1880, akcja filmu rozpoczyna się od strzelaniny pomiędzy policją a gangiem recydywistów. Charlie Burns (Guy Pearce) i jego brat Mikey zostają złapani przez kapitana Stanleya (Ray Winstone). Razem z ich psychopatycznym bratem Arthurem (Danny Huston), są poszukiwani za brutalne przestępstwo. Stanley składa Charliemu pozornie niemożliwą do zrealizowania propozycję, aby spróbować zakończyć okres krwawej przemocy.

W podziemiach Instytutu Badań Czwartorzędu istnieje kraina zwana Szuflandią. Jej pejzaż tworzą szuflady, segregatory i inne atrybuty urzędniczej rzeczywistości. Rządzi tu nadszyszkownik Kilkujadek, który z pomocą zaufanej świty trzyma swoich kumotrów za twarz, by przypadkiem żaden z nich nie wykrył tajemnicy 'kingsajzu' czyli eliksiru pozwalającego krasnoludkowi zyskać rozmiary człowieka i zamieszkać w krainie ludzi, obfitującej w wolność, kobiety i inne atrakcje.

Dobrze wszystkim znana paczka zwierząt-uciekinierów z ZOO w Central Parku powraca. Tak jak w części pierwszej towarzyszą im zorganizowane niczym komandosi pingwiny oraz stado "wyginających śmiało ciało" lemurów z ekscentrycznym królem na czele. Lew Alex, zebra Marty, żyrafa Melman i hipopotamica Gloria wychowali się w ZOO. Pewnego dnia uciekli i na skutek zbiegu okoliczności dotarli na Madagaskar, gdzie czekała na nich tajemniczo przyzywająca i mistyczna "dzicz".